Configurare correttamente gli APPLICATION POOL su IIS 6 e 7
Mi è capitato che una INTRANET basata su DNN (ASP.NET 2.0) facesse i capricci 
.
Il problema era dovuto all'installazione di un'altra applicazione WEB basata su ASP.NET 1.1 e CONFIGURATO nello stesso APPLICATION POOL.
Un consiglio, creare per ogni sito presente in IIS un proprio APPLICATION POOL, salvo casi particolari.
Ecco un ottimo articolo sui POOL di IIS 6 link:http://www.aspitalia.com/articoli/windows2003/iis6_application_pool.aspx